明朝建立后，摆在朱元璋面前的紧迫问题，是如何使动荡不安的社会秩序安定下来，使凋敝不堪的社会经济得到恢复和发展，从而维持和巩固自己的统治。这就需要讲究和确定治国的方略。而治国方略的确定，又和治国的指导思想与理论观念的确定有关。登基伊始，他即明确宣布：“仲尼之道，广大悠久，与天地相并，故后世有无下者，莫不致敬尽礼，修其祀事。朕今为天下主，期在明教化以行先圣之道。”汉代以来被定于一尊，元代被边缘化的儒家思想，再次被朱元璋确定为国家的主流意识形态，成为维系整个社会的精神支柱。

为了保障儒学的指导地位和作用，朱元璋积极提倡尊孔崇儒。洪武元年（1368）二月即登基之后的次月，即下诏以太牢（牛、羊、豕三牲全备）祀孔子于国子学，并遣使至曲阜阙里致祭。接着，又召元代最后一位衍圣公、国子祭酒、孔子第五十五世孙孔克坚入京朝见。孔克坚因病，派他儿子孔希学代自己入京先行朝觐。朱元璋怀疑孔克坚瞧不起自己的布衣出身，给他发去一道亲笔谕，说：“吾率中土之土（士），奉天逐胡以安中夏，虽曰庶民，古人由民而称帝者，汉之高宗（祖）也。尔无疾称疾，以慢吾国不可也。”孔克坚吓坏了，立即于四月间入京朝觐，朱元璋说：“尔祖明先王之道，立教经世。万世之下，君君、臣臣、父父、子子，实有赖焉。”并赐田2000大顷，赐宅1区、马1匹，月给米20石。十一月，诏以其子孔希学袭封衍圣公，品秩由元朝的三品升为二品，赐银印，置衍圣公官属，以其族人孔希大为曲阜世袭知县，立孔、颜、孟三氏教授司，立尼山、洙泗二院，并免除孔氏子孙及颜、孟大宗子孙的徭役。孔希学每岁入京朝觐，都受到特殊的礼遇，“会班亚丞相”。孔希学死后，其子孔纳袭封衍圣公，当时丞相已废，他每年入京朝觐，都可乘坐驿站的车船，召见时位列文臣之首。洪武十五年四月，诏全国通祀孔子。五月，京师国子监落成，又“释奠于先师孔子”。到第二年二月，据谏官关贤报告：“国朝崇尚儒术，春秋祭享先师，内外费至巨万。”尊儒之风盛极一时。

在儒家学说之中，宋代的程朱理学将封建纲常化为主宰万物的精神实体——“天理”，它比先秦的孔孟学说、汉代的经学、唐代的佛学更加精密，更具哲理性，因而也更加适应在战后的废墟上重建封建统治秩序、恢复和发展社会经济的需要。因此，朱元璋对程朱理学的提倡更是不遗余力。登基之后，朱元璋继续任用元末朱学在金华（婺州）的承传人物与学者，让他们参与国家大政的决策，或礼乐制度、文化教育事业的建设，进一步树立程朱理学的统治地位。如金华朱学的正宗传人柳贯、黄溍的弟子宋濂，自应召至应天，即除江南儒学提举，受命教太子读经，寻改起居注，恒侍朱元璋左右，备顾问。明开国后，宋濂历任翰林院学士、赞善大夫、知制诰、《元史》修撰总裁等官，除为朱元璋谋划建国方略外，还参与礼乐制度的制定，“郊社宗庙山川百神之典，朝会宴享律历衣冠之制，四裔贡赋赏劳之仪，旁及元勋巨卿碑记刻石之辞，咸以委濂，屡推为开国文臣之首”，“一代礼乐制度，濂所裁定者居多”。师从郑复初受濂洛之学、继承“儒先理学之统”的刘基，奉召至应天后，除不时“敷除王道”外，还为朱元璋削平群雄、平定天下献计献策。明开国后，刘基历任御史中丞、资善大夫、弘文馆学士，封诚意伯，参与制定律令，完善科举制度，承担编写《戊申大统历》和《大明集礼》的工作。柳贯、黄溍的另一弟子王祎，洪武初年受命参与礼制的制定，并与宋濂担任《元史》总裁官，与宋濂一起将金华朱学“文道合一”的主张，写进《元史》的《儒学列传》。《元史》修成，擢为翰林待制，同知制诰兼国史院编修官，又“奉诏预教大本堂”，教太子和诸王读经。元代金华著名理学家许谦之子许存仁，奉命出任国子学第一任祭酒达10年之久（包括吴元年），对树立程朱理学在教育部门的主导地位发挥了重要的作用。

朱元璋还通过各种途径，大力提倡读经。他反复告谕廷臣：“道之不明，由教之不行也。夫《五经》载圣人之道也，譬之菽粟布帛，家不可无。人非菽粟布帛，则无以为衣食，非《五经》《四书》，则无由知道理。”他除经常命儒士为太子、诸王和文臣武将讲授儒家经书外，还规定学校生员必修《四书》《五经》。北方经过长期战乱，经籍残缺，洪武十四年四月特地颁赐《四书》《五经》于北方学校，“使其讲习”。朱元璋还特命国子学祭酒许存仁教授生徒应“一宗朱子之学”，“令学者非《五经》、孔孟之书不读，非濂洛关闽之学不讲”。在国子监与各府州县学均立有一块卧碑，上刻几行大字：“国家明经取士，说经者以宋儒传注为宗，行文者以典实纯正为主”，“不遵者以违制论”。全国的科举考试，一概从《四书》《五经》中出题，以程朱注疏为准，《四书》主朱熹《集注》，《易》主程颐《传》、朱熹《本义》，《书》主蔡沈《传》及古注疏，《诗》主朱熹《集传》，《春秋》主左氏、公羊、穀梁三《传》及胡安国、张洽《传》，《礼记》主古注疏。这样，举国上下所有思想言论，都被纳入程朱理学的轨道。

儒家思想、程朱理学的内容非常庞杂。朱元璋对它的利用是从维护巩固君主专制的需要出发的，凡是符合这个要求的便积极加以提倡，不符合这个要求的就加以抛弃。孟子是儒学的“亚圣”，他的著作历来被当作儒家经典之一。朱元璋读《孟子》，见《离娄》篇有“君之视臣如土芥，则臣视君如寇雔”等几句话，“怪其对君不逊”，大怒道：“使此老在今日，宁得免耶！”下令撤去孟子在国子学孔庙中配享的牌位，规定“有谏者以大不敬论”。刑部尚书钱唐抗疏入谏，说：“臣为孟轲死，死有余荣。”后来才又恢复孟子的配享牌位。但是，朱元璋对《孟子》中那些有背君权神圣的语句，还是极为不满。洪武二十七年（1394），又命老儒刘三吾编辑《孟子节文》。刘三吾按照他的旨意，将《尽心》篇的“民为贵，社稷次之，君为轻”，《梁惠王》篇的“国人皆曰贤，国人皆曰可杀”一章，《离娄》篇的“桀纣之失天下也，失其民也。失其民者，失其心也”一章，《万章》篇的“天与贤则与贤”一章，以及“君有大过则谏，反复之而不听，则易位”，“闻诛一夫纣矣，未闻弑君也”，“君之视臣如土芥，则臣视君如寇雔”等，甚至连引自《尚书·汤誓》的“时日曷丧，予与汝偕亡”，都统统删去。全书总共删去85条，只留下170多条。然后刻版颁行全国学校，规定删除部分“课士不以命题，科举不以取士”。

朱元璋认为，儒家思想、程朱理学中的“敬天”“忠君”“孝亲”三项内容，对强化君主专制、巩固封建统治最为有用，特指派东阁大学士吴沉等从儒家典籍中辑录有关内容，编成专书，以便观览传播。他交代吴沉等人说：“朕阅古圣贤书，其垂训立教，大要有三：曰敬天，曰忠君，曰孝亲。君能敬天，臣能忠君，子能孝亲，则人道立矣。然其言散在经传，未易会其要领。尔等其以圣贤所言，以类编辑，庶便观览。”洪武十六年二月书编成后，朱元璋“览而善之”，赐名为《精诚录》，命吴沉撰写序言。朱元璋对儒家思想、程朱理学的宣传提倡，主要也侧重于这三个方面的内容。

“敬天”思想是维护君主权力和明朝正统地位的重要工具，朱元璋不遗余力地加以提倡。他经常举行各种祭天祀地的仪式，并反复告诫臣僚，敬天不仅要严而有礼，而且要有“诚敬之心”。儒家借“天”来抬高君主的地位，论证君权的神圣性，宣扬君主受命于天，封建统治和维护这种统治秩序的三纲五常是上天有意安排的，是天理的具体体现，“天性自然而常者，三纲五常也”。按照这个理论，敬天，就必须听从君主的意志，维护大明皇朝的统治。敬天，其实是为了敬君。朱元璋宣扬敬天思想，目的即在于此。他一再宣扬“帝王奉天以君临兆民”，声称自己是上天在地上的真正代表；他之所以推翻元朝的统治，是“天厌其（指元朝）德而弃之”，建立明朝是“荷上天眷顾”，“朕本布衣，以有天下，实由天命”。每次发布诏书，开头都要写上一句“奉天承运”。所有这一切，都是为了表示他的所作所为是“奉行天命”，“言动皆奉天而行，非敢自专也”，因此全国的臣民都必须绝对服从他的统治。

“忠君”思想，是保障封建统治的最重要的思想武器。在家国同构的古代封建社会，君主既是全国的最高统治者，同时也是国家社稷的最高代表。所谓“忠君”，不仅要忠于最高君主，同时也要忠于他所代表的国家社稷。因此，它受到历代封建统治者的高度重视，“君为臣纲”被列为三纲之首。朱元璋也把它奉为至宝，着力加以鼓吹。他不仅经常对臣僚灌输“事君之道惟尽忠不欺”，而且积极推行古代的“乡饮酒礼”，规定全国所有的儒学每年正月十五、十月初一，都必须举行这种仪式，由司正作“为臣竭忠，为子尽孝，长幼有序，兄弟友恭”之类的宣传，就连民间里社也须仿照施行。朱元璋还把忠君作为最高的道德标准来衡量臣民的一切行动。故元将帅为元朝“尽忠”，与明军对抗，他仍加以表彰。郭云元末在家乡组织地主武装抗拒农民起义军，“元授以官，竭心所事”，明军攻占中原，他独守裕州，屡招不从，数战不屈，“势穷援绝，终无异志”。后来裕州城破，他被明军俘虏，朱元璋“嘉其忠义，抚以生全”，授予南阳卫指挥佥事之职。洪武七年（1374），郭云病死，又让他十三岁的儿子郭洪任飞熊卫指挥佥事。元朝的降官降将，尽管归附后为朱元璋夺取天下出过很大力量，朱元璋则把他们看作是有背于忠君死义精神的叛逆之臣，“始虽荣遇，终必摒辱”。危素曾做过元朝的参知政事、礼部尚书、岭北行省左丞，主持过宋、辽、金史的编修，明军攻占北京，他跳井以殉元朝，被僧人救起。后来，朱元璋见他有文才，让他做翰林侍讲学士，后兼弘文馆学士，颇见信任。但因为他是个降臣，便渐见疏远，经常加以侮辱。有一天，朱元璋坐在东阁侧室的屏风后面，危素从屏风外慢步走来，履声橐橐，朱元璋问：“谁？”危素答道：“老臣危素。”朱元璋嫌他自称老臣，嘲笑说：“我只道是文天祥来！”元顺帝有头大象，能在宴会上起舞助兴。明军攻入大都后，把它运到南京。有次，朱元璋宴请群臣，叫人把大象牵来，要它起舞，这头大象却趴在地上不动。朱元璋一气之下，下令把大象宰了。第二天，便借这件事，叫人制作两块木牌，一块写着“危不如象”，一块写着“素不如象”，挂在危素的左右肩，把他羞辱一通。后来，御史王著等人上书，弹劾危素是亡国之臣，“不宜列侍从”，朱元璋下诏把他贬到和州去看守余阙庙。不到一年，危素便郁闷而死。

“孝亲”思想与忠君思想是相辅相成的。“孝”植根于我国古代农耕文明的土壤之中，是华夏民族的传统美德。儒家学派创立之后，把它纳入儒学的范畴，视为仁的具体表现，是一切伦理道德的本源。我国古代的政治制度，与奠立于血缘关系的宗法制度相结合，家庭是社会的组织细胞，国家是家庭的扩大。儒家于是又将孝与忠联为一体，说“君子之事亲孝，故忠可移于君”，一再强调“家齐而后国治”，只要每个家庭和睦了，整个国家的社会秩序也就安定了。朱元璋深明此理，说：“一人孝而众人皆趋于孝，此风化之本也。”“使一家之间长幼内外各尽其分，事事循理，则一家治矣。一家既治，达之一国以至天下，亦举而措之耳”。因此，他积极向臣民灌输孝亲思想，实行“以孝治天下”的政策。不仅命绘古代的孝行图以示子孙，还叫户部下令，全国各地每个乡里都要置办一个木铎，派一名老人或盲人，每月六次，沿途敲喊：“孝顺父母，尊敬长上，和睦乡里，教训子孙，各安生理，毋作非为！”《御制大诰续编》还专辟《明孝》一节，对孝道的主要内容如“事君以忠”“夫妇有别”“长幼有序”“朋友有信”等做了详细的解释，要求百姓遵照执行。并规定：“今再诰（指《御制大诰续编》）一出，臣民之家，务要父子有亲；率土之民，要知君臣之义，务要夫妇有别；邻里亲戚，必然长幼有序，朋友有信”，“倘有不如朕言者”，“乡里高年并年壮豪杰者，会议而戒训之。凡此三而至五，加至七次。不循教者，高年英豪壮者拿赴有司，如律治之”。凡是有突出孝义行为的，大加表彰，甚至提拔做官。易州涞水县民李得成冒着严寒“卧冰求母尸”，被举为孝廉，擢为光禄寺丞，后升至布政使。浙江浦江郑氏家族，自宋以来，“代以一人主家政”，累世聚族同居，凡300年。龙凤四年（1358），李文忠特旌之为“义门”，禁止军士侵犯。明初，郑家族长郑濂担任粮长，入京受到朱元璋的接见，问以治家长久之道，答曰：“谨守祖训，不听妇言。”朱元璋连连点头称善，曾想给他个官做，他以老辞。后来，发生胡惟庸谋反案，有人告发郑家“交通”胡惟庸，官吏到郑家逮人，郑家兄弟六人争着要去抵罪。朱元璋得到消息，说：“有人如此，肯从人为逆耶？”下令召见，不仅免予问罪，还提拔郑溓之弟郑湜为左参议。洪武二十六年，又擢郑濂之弟郑济为春坊左庶子。后又征召郑濂之弟郑沂为礼部尚书。浦江王澄，仰慕郑氏家风，令子孙聚族同居，后来他的孙子王应也被朱元璋擢为参议，另一个孙子王勤被擢为春坊右庶子。有些臣民犯法，因其子有突出的“孝义”行为，朱元璋也屈法宥之，或从轻处罪。如洪武八年正月，淮安府山阳县有人犯法当杖，其子请以身代，朱元璋对刑部大臣说：“父子之亲，天性也。然不亲不逊之徒，亲遭患难，有坐视而不顾者。今此人以身代父，出于至情。朕为孝子屈法，以劝励天下。”下令“释之”。江宁人周琬十六岁时，担任滁州牧的父亲坐罪论死，他请求以己代父而死。朱元璋怀疑他是受人指使，下令斩之。周琬面对屠刀，面不变色，朱元璋很是惊异，下令从宽处理，将其父免死戍边。周琬再次请求说：“戍与斩，均死尔。父死，子安用生为？愿就死以赎父戍。”朱元璋非常生气，命缚赴市曹处斩。周琬看到父亲终于可以免除戍边之苦，面露喜色。朱元璋觉得此人为父亲竟至不顾自己的性命，孝心确实真诚，下令赦免了他，并在御屏上写下“孝子周琬”四个字，不久授予兵科给事中之职。浙江新昌人胡刚，父亲因罪罚至泗上做苦役，逃亡当死，朱元璋敕驸马都尉梅殷监斩。胡刚正好要去探视父亲，站在河边等待渡船摆渡过河，听到消息，就脱下衣服，泅水而往，哀号泣代。梅殷怜悯他，报告了皇帝。朱元璋当即“诏宥其父，并宥同罪者八十二人”。

除了大力倡导儒学，朱元璋还积极扶植佛、道和伊斯兰教，搞神道设教。

朱元璋小时当过和尚，但认为宗教和迷信都是虚妄的东西。他明确指出：“昔梁武帝好佛，遇神僧宝公者，其武帝终不遇佛证果。汉武帝、魏武帝、唐明皇皆好神仙，足世而不霞举。以斯之所求，以斯之所不验，则仙、佛无矣。”还说：“僧言地狱镬汤，道言‘洞里乾坤’‘壶中日月’，皆非实象。此二说俱空，岂足信乎！”但他仍大搞神道设教，因为一来可“谕众以神仙为征应”，宣扬自己之所以坐江山是受命于天，得神之助；二来是宗教具有广泛的社会教化功能，可以起到“暗助王纲”的作用，说：“假如三教，惟儒者凡有国家不可无。……释迦与老子，虽玄奇过万世，时人无知其的，每所化处，宫室殿阁与国相齐，人民焚香叩祷，无时不至。二教初显化时，所求必应，飞悟有之。于是乎感动化外蛮夷及中国。假处山薮之愚民，未知国法，先知虑生死之罪，以至于善者多而恶者少，暗理王纲，于国有补无亏，谁能知识？”他在谈及设立城隍神时，也说：“朕立城隍神，使人知畏。人有所畏，则不敢妄为。”因此，在攻占应天、婺州时，朱元璋便寻访名刹高僧，攻取江西时，也派人寻访正一道的第42代天师张正常。登基之后，经常召见著名的高僧和道士，与之探讨佛学，或讲论道术。有些受到信任的僧人，朱元璋则委以重任，如宗泐、智光，曾被命作朝廷的使臣，出使西藏、西域等地。南京灵谷寺僧吴印、瓦官寺僧华克勒等僧人，甚至受命还俗入仕，任为山东、山西布政使。有些僧人还被充作耳目，出任检校，监视臣民的活动。朱元璋还常召集高僧或道士，举行大规模的佛事活动或斋醮祈雨活动。他还下令新建、修复一批寺院，其中以灵谷寺、天界寺、天禧寺、能仁寺、鸡鸣寺五大国家寺院和同它们并列的另一大寺栖霞寺最为著名；并新建、修复许多宫观，“凡道家所号，天帝之居，靡不崇饰”。还下令赐给寺院、宫观许多田土、芦荡，免其税粮、差役。其中，仅赐给灵谷、天界、天禧、能仁、栖霞等大寺的赡僧田就近500顷，另有“芦洲亦几其半”。为了扩大佛、道的影响，朱元璋命四方名僧点校了《藏经》，并令宗泐、如玘等僧人重新笺释《般若心经》《金刚经》和《楞伽经》，亲笔为《心经》作序，为《道德经》作注，撰成《御制道德经》2卷，还撰写了《周颠仙人传》《历代天师赞》，广行刊布。洪武元年正月，朱元璋下令设善世院、玄教院，分别总领全国佛教、道教事务。四年，罢革。十五年四月，复置僧录司、道录司，分别管理全国佛、道事务。僧录司之下，在府、州、县分设僧纲司、僧正司、僧会司；道录司之下，分设道纪司、道正司、道会司。所有这些机构的官员，皆以僧人、道士充任，不支俸禄，隶于礼部。各处寺庙、宫观的住持，皆由僧、道官举有戒行、通经典者送僧、道录司考中后，报送礼部批准，方许上任。这样，就将佛、道教置于朝廷的控制与保护之下，便于发挥其“暗助王纲”的作用。

此外，由于朱元璋早年起义时，队伍中有不少信奉伊斯兰教的回族人，后来南征北伐，又有不少回族将士参加进来，他对伊斯兰教也加以尊崇和扶持。洪武年间，曾敕建清真寺于西安、南京及滇南、闽粤、甘肃等地，并御书《至圣百字赞》，称赞伊斯兰教“协助天运，保庇国民”的功用。但严格实行政教分离、教法分离，规定伊斯兰教教长只能传教布道，不能干预民间事务，不得掌理民间词讼。

在尊孔崇儒的同时，朱元璋还着手进行制礼作乐的工作。明朝建国前夕，朱元璋总结元亡的教训说：“元氏昏乱，纪纲不立，主荒臣专，威福下移，由是法度不行，人心涣散，遂致天下骚乱。”强调“立国之初，当先正纪纲”。所谓纪纲，就是礼乐与刑政两手，“礼法，国之纪纲。礼法立，则人志定，上下安”。礼是儒家文化的一个核心内容。儒家所说的礼，一般包括乐在内。礼的灵魂是德，但其内容非常宽泛，既是仁义道德的规范，也是人际行为的准则，并渗透到政治制度的各个层面，具有定尊卑、辨贵贱、明等威、叙长幼、睦宗族、和乡里、协调各种社会关系的作用。对礼、法两手，朱元璋尤其重视礼、乐的功能，说：“朕观刑、政二者，不过辅礼、乐而治耳。……大抵礼、乐者，治平之膏粱；刑政者，救弊之药石。”认为“治天下之道，礼、乐二者而已”。“礼者，国之防范，人道之纪纲，朝廷所当先务，不可一日无也”。因此，制礼作乐也就成为他治国先务的重中之重。

元朝的礼制，蒙古色彩浓厚，朱元璋对此非常不满，说“元氏废弃礼教，因循百年，而中国之礼变易几尽。朕即位以来，夙夜不忘，思有以振举之，以洗污染之习”。又说：“元兴，以夷变夏，民染其俗，先王之礼几乎熄矣。”“礼者所以美教化而定民志。成周设大司徒，以五礼防民之伪，而教之中。夫制中莫如礼，修政莫如礼，齐家莫如礼”。他决定依据传统的华夏礼制，结合明初的社会现实，为明朝制定一套去蒙古化的新的礼制。建国前夕，他务未遑，即于吴元年（1367）六月“首开礼、乐二局，广征耆儒，分曹究讨”，着手修纂礼书。明朝刚建立，又从各地陆续征调一批老儒，参与礼书的修纂。洪武元年（1368），中书省会同礼官拟定新的祀典及官民丧服之制、官民房舍及服饰等第。洪武三年九月，《大明集礼》编成，计50卷。此外，朱元璋还屡次敇谕李善长及诸儒，陆续编撰《孝慈录》《洪武礼制》《诸司职掌》《稽古定制》《国朝制作》《大礼要议》《皇朝礼制》《大明礼制》《洪武礼制》《礼制集要》《礼制节文》《太常集礼》《礼书》等，厘定包括吉礼、嘉礼、宾礼、军礼、凶礼在内的各种礼制。这些礼制，均“斟酌古今”而定，“其度越汉、唐远矣”。

在各种礼制的厘定中，祀制受到特别的重视。朱元璋继承中国传统的宇宙观，认为“世之所以成世者，惟人与神耳”。先有天后有地，然后才有人。“（民）生既多，非（君）主莫驭，天生君而为民立命”，昊天上帝是宇宙的最高主宰，在附属于其的地祇和风雨雷电山川诸神以及厉鬼（无祀鬼神）等辅助下，主宰世间的一切。故“凡有国者，必以祀事为先”，这样才能使“上帝皇祇悦赐，天下安和，生民康泰”。登基伊始，朱元璋即命中书省下郡县访求应祀之神祇、名山大川、圣帝明王、忠臣烈士等，著于祀典，令有司岁时致祭。同时，令儒臣参照古代的传统祀礼和现实需要，对祀典重加厘正，革除了天皇、太乙、六天、五帝等古代礼典所无的神祇，并将城隍神及其辖下的众厉等古代祀典所无的神祇正式列入祀典之中。历代皇朝曾给诸神加上各种封号，朱元璋认为是“渎礼不经”，也下令：“并去前代所封名号，止以山水本名称其神，郡县城隍神号，一体改正。”这样，通过厘正祀典，使诸神听命于天，而众鬼神听命于神，形成一个同人间的君主——群臣——庶民的等级制度相对应的上天——诸神——众厉的神鬼体系，“庶天神权纲之不紊也”。

在厘正祀典中，朱元璋还下令对一些祀仪做出重大的改动。明朝刚建立时，郊祀和社稷祀仪均沿用元制，除洪武元年朱元璋登基祭告天地实行合祀外，都是在冬至日祀天，夏至日祀地。社稷也实行分祀。朱元璋认为，“古人以社为五土之神，稷为五谷之神。土主发生，五谷因之以生”，社稷分祀，是“土谷不合于生生之意也”，“不合人情”。天地是人君的父母，实行南北郊分祀，等于为人子的侍奉父母却将双亲分开，是拘泥于礼文而不合人情，“不可谓礼” 。朱元璋主张，“祀事在诚敬，不在仪文也”。天地、社稷分祀，礼文过于烦琐，反而有害于诚敬。从“礼顺人情”“尚实不尚华”的原则出发，他于洪武十年八月下令在午门之右改建社稷坛，实行合祀。当月还下令在南郊改建圜丘，名大祀殿。在大祀殿完工之前，暂时在奉先殿合祀天地。大祀殿建成后，洪武十二年的首春“正三阳交泰之时”即正月十一，在南郊合祀天地，遂成定制。

在祀典的厘定中，朱元璋还明确划分官民祭祀的神祇，规定官员致祭的职责，并严禁淫祠。洪武三年（1370）六月，朱元璋批准中书省根据其旨意拟定的奏章，规定只有受命于天的皇帝才能祭祀天地，“凡民庶祭先祖，岁除祀灶，乡村春秋祈土谷之神，凡有灾患祷于祖先。若乡属、邑属、郡属之祭，则里社、郡属自举之。其僧、道设斋醮，不许奏章上表、投拜青词，亦不许塑画天神地祇。及白莲社、明尊教、白云宗、巫觋、扶鸾、祷经、书符、咒水诸术，并加禁止。庶几左道不兴，民无惑患”，“违者罪之”。明律专门设立“亵渎神明”“禁止师巫邪术”的条文，对有关的违禁行为规定了相应的刑罚。朱元璋还将祭祀鬼神列为各级官员的重要职责之一，规定“至期失误祭祀者，杖一百；其不当奉祀之神而祭者，杖八十”。洪武十八年正月规定，文武官员赴任时，必须先到任职所在地的城外斋宿三日，在第四日清早由当地父老导入城中，遍谒诸祠，祭祀神祇；九年任职期满后，必须备具牲醴，率领僚属及当地父老，向诸神致祭辞行，然后才能离开。

洪武年间厘正的礼制，也都参照古代礼经并针对明初的社会现实，对各种社会行为的法则、规范、仪式做出严格的规定。这些礼制，都贯穿着“辨贵贱，明等威”的原则，以体现官员内部的上下等级和官民之间的尊卑贵贱。比如衣冠服饰，上自天子、亲王、文武百官，下至庶人，对他们所用冠服的衣饰、颜色、式样，都有极为烦琐的规定。文武官员的冠服，分为朝服、公服、常服三种，朝服在节日和颁诏、进表等各种重要活动时穿用，公服在早晚朝奏及侍班、谢恩、见辞等场合穿用，常服在常朝视事时穿用，各按官品的不同使用不同的服饰。庶人的冠服，洪武三年规定用四方平定巾，杂色盘领衣，不许使用黄色。又规定男女衣服不得使用金绣、锦绣、纻丝、绫罗，只许用绸、绢、素纱，靴不得裁制花样，不得用金线装饰。首饰、钗、镯不许使用金、玉、珠翠，只许用银。六年又规定，庶人巾环不得用金、玉、玛瑙、珊瑚、琥珀。庶人的帽子，不得用顶，帽珠只许使用水晶、香木。十四年又规定，农民只能穿绸、纱、绢、布，而商贾则只能穿绢、布，农民家里有一人做生意的，也不能穿绸穿纱。二十二年还规定，农民可以戴斗笠、蒲笠出入市井，不务农者则不许可。二十五年，因民间违禁现象屡有发生，又诏令礼部禁止庶人穿靴，“惟北地苦寒，许用牛皮直缝靴”。官民的房舍也贵贱分等，上下有别。洪武二十六年定制：公侯为前厅7间、2厦、9架；中堂7间、9架；后堂7间、7架；门屋3间、5架；家庙3间、5架；廊、庑、庖、库从屋，不得过5间、7架。一品、二品官员为厅堂5间、9架；门屋3间、5架。三品至五品官员为厅堂5间、7架；门屋3间、3架；六品至九品官员为厅堂3间、7架；门屋1间、3架。庶民庐舍，洪武二十六年定制，不得超过3间、5架。就连器物的使用，比如一个小小的饮酒器具，也有严格的等级限制。洪武二十六年规定，公侯及一、二品官员，酒注及盏用金器，其余用银器。三品至五品，酒注用银器，酒盏用金器。六品至九品，酒注及酒盏用银器，其余皆用瓷器、溙器。至于庶民，酒盏用银器，酒注只能用锡器，其余都只能用瓷器、漆器。

儒家认为，“礼言是其行也，乐言是其和也”。乐主要指音乐。乐具有和谐性，并被赋予某种道德属性，可以培养人们的内心情感，起到协调人群、团结社会的作用。礼用以辨异，分别贵贱的等级；乐用以求同，缓和上下的矛盾。所以儒家历来都强调礼乐并行，相辅相成。朱元璋也将乐与礼摆在同等重要的位置，认为二者同为“治天下之道”，告谕群臣曰：“治天下之道，礼、乐二者而已。若通于礼而不通于乐，非所以淑人心而出治道；达于乐而不达于礼，非所以振纪纲而立大中。必礼、乐并行，然后治化醇一。”他认为元朝之所以覆亡，原因之一就是废弃华夏古乐，说：“礼以道敬，乐以宣和，不敬不和，何以为治？元时古乐俱废，惟淫词艳曲更唱迭和，又使胡虏之声与正声相杂，甚者以古代帝王祀典神祇饰为舞队，谐戏殿廷，殊非所以导中和、崇治体也。”因此，他决定废弃元朝的乐制不用，而“锐志雅乐”，建设新的乐制。龙凤二年（1356）攻克应天后，即设典乐官，翌年又置雅乐，“以供郊社之祭”。吴元年（1367）六月，在设置礼局的同时，正式设立乐局，征调懂音律的儒臣，研究乐制的制定问题。他特地指示作乐的儒臣，要恢复华夏古代雅乐的传统，所撰辞章要“和而正”，弃绝谀辞；所作乐曲要和谐自然，“协天地自然之气”。根据朱元璋的旨意，洪武年间相继制成一批朝贺、祭祀、宴飨的乐歌，其中有些辞章还是由朱元璋亲自撰写的，如《圜丘乐章》《方丘乐章》《合祭天地乐章》《先圣三皇历代帝王乐章》等。经冷谦、陶凯、詹同、宋濂、乐韶凤等熟知音律的一批儒臣的反复究讨，终于制定了祭祀之乐歌节奏、朝贺宴飨之乐歌节奏及祭祀朝贺之乐舞器服制度。