朱元璋登基以后，每天“昧爽临朝，日晏忘餐”，兢兢业业，勤奋理政。“兵动二十余年，始得休息。天之有心于太平，亦已久矣，民之思治亦切矣”。朱元璋原想，既然全国范围内的大规模战争已经结束，民心思治，他依靠刚刚建立的一套政权机构和礼乐法律制度，运用宽猛适中的统治策略，很快便可稳定全国的形势，出现天下大治的局面。然而，他所期盼的这种局面却迟迟没有出现。洪武初年，社会一直处于动荡不安的状态。

首先，是广大农民始终未曾停止对地主阶级的反抗斗争。明朝建立后，尽管朱元璋把赋役的征派数额定得较低，但在当时经济凋敝的条件下，它对农民来说仍是一项十分沉重的负担。就以民田的赋税而论，在陕西一带，不管土地是肥沃还是贫瘠，也不管是熟地还是新垦荒地，一律亩征一斗，当地的地方官员也承认，这是一项极为苛重的负担。官田的田赋是地租与赋税合并征收的，其中地租部分虽然表面维持私租的原额，但由私租改为官租后，一切要由衙门吏胥经手，并且要送到指定的官仓交纳，农民的负担便大大加重了。“田未没入之时，小民于土豪处还租，朝往暮回而已。后变租税为官粮，乃于各仓送纳，运涉江湖，动经岁月，有二三石纳一石者，有四五石纳一石者，有遇风波盗贼者，以致累年拖欠不足”。“输之官仓，道路既遥，劳费不少，收纳之际，其弊更多，故亦或有甚于输富民之租者”。加上明初江南官田的数额不断扩增，背上官租这种沉重负担的农民数量也比往昔大大增加。至于赏赐给公侯将官的公田，其赋税则按“元定官粮、私租之数，仍依主佃分数收之”，不仅田租依元末私租原额征收，而且田赋也按元末苛重的官粮数额征收，没有丝毫的改革和减省。明初“百役俱举”，征派的徭役又大部分落到农民头上。朝廷营建宫室，征召各地的木工石工，“县吏胥并缘为奸利，不问老幼废疾之不可任，悉上其名，索之弗得，辄捕比邻以代”，搞得鸡犬不宁。济宁府役民万余筑城，“民不得穑，哀号即工，声闻数里，旦暮不休”。

朱元璋又大力扶植地主经济。元末农民战争过后，明朝地方官吏即根据“凡威取田宅者归业主”的原则，支持地主夺取农民直接凭借战争暴力耕占的土地。逃亡地主纷纷重返故里，在官府的支持下，向农民反攻倒算。如江苏宜兴地主强如心，在农民战争以后，即“复吾宅田”，重新夺回他们失去的土地财产。浙江诸暨官宦的后裔赵淑，在东西吴交战期间携带田籍逃匿深山穷谷，田地大部分被他人耕占，战争结束后她“持田籍与辨，卒赖以完”，也把田地全部倒算回去。义乌地主王某，洪武初年在官府的支持下，几年时间就把被农民剥夺的产业又全部夺回，“积谷至数千斛”。地主阶级的势力迅速得以发展，各地出现了不少“有田连数万亩”或“千亩之下至百十亩”的地主。如元末江南首富沈万三的后裔“赀巨万万，田产遍吴下”，丹徒曹定占田“万亩有奇”，义乌巨室楼士祥家产无数，豢养食客多达几十人。不少地主的服食居处已与公卿“无异”，他们“上足以持公府之柄，下足以钳小民之财”。对皇亲国戚及勋臣宿将等一批新生贵族，朱元璋则赐给大量的田土和财富。如洪武五年四月，赐秦王、晋王、燕王苏州府吴江县田各100顷，并赐秦王江西湖池鱼课岁米9200石，晋王、燕王各3000石；六月，又赐吴王、靖江王、楚王、潭王吴江县田各100顷。翌年闰十一月，赐给尚未赐予封土的亲王田各100顷，并湖池课米各3000石。洪武九年二月，又规定郡王诸子年及15者，每人赐田60顷，以为永业，并免除这些田土的国家租税。十九年九月，赐给寿春公主吴江县田124顷70亩。朱元璋赐给勋臣宿将土地，数量也很大。建国之初，明廷未定百官俸禄之制，继续执行此前听从武官开垦荒地以为己业，文官拨典职田，召佃耕种，送纳籽粒，以代俸禄的做法。如洪武三年十一月大封功臣，并定其岁禄，规定韩国公李善长食禄4000石，魏国公徐达5000石，郑国公常茂、曹国公李文忠、宋国公冯胜、卫国公邓愈俱3000石，中山侯汤和、延安侯唐胜宗、吉安侯陆仲亨、江夏侯周德兴、淮安侯华云龙、济宁侯顾时、长兴侯耿炳文、临江侯陈德、巩昌侯郭子兴俱1500石，六安侯王志、荥阳侯郑遇春俱900石，平凉侯费聚、江阴侯吴良、靖海侯吴祯、南雄侯赵庸、德庆侯廖永忠、南安侯俞通源俱1500石，广德侯华高600石，营阳侯杨璟、蕲春侯康铎（康茂才之子）、永嘉侯朱亮祖、颍川侯傅友德、豫章侯胡美、东平侯韩政也皆1500石，宜春侯黄彬、宣宁侯曹良臣、汝南侯梅思祖、河南侯陆聚皆900石。“俱子孙世袭，惟华高嫡子许令承袭禄米五分之四，康铎嫡终，如无后嗣，庶长及之。”月底，又封中书右丞汪广洋为忠勤伯，食禄360石，封御史中丞兼弘文馆学士刘基为诚意伯，食禄240石。洪武四年正月，制定各级文武官员的俸禄制度。此后，仍继续给文武大臣拨赐公田，以其租入作为俸禄的补充。如六年九月，“赐公侯及武官公田，命取量其元定官粮、私租之数，仍依主佃分数收之”。七年八月，又赐中山侯以下的13个列侯各1000石公田。十年十月，再次颁赐百官公田，“以其租入充俸禄之数”，共计赐给“公侯、省府、台部、都司、内外卫官七百六十人，凡田四千六百八十八顷九十三亩，岁入米二十六万七千七百八十石”。直到二十五年八月，对俸给制度实行改革，“令公侯伯皆给禄米”，责成他们“各归其赐田于官”，颁赐公侯公田以代禄米之制始告废止。除了颁赐公田，朱元璋还常给功臣宿将赐田。如洪武三年十二月，“赐魏国公徐达以下勋臣田有差”。四年正月，李善长致仕，赐临濠地若干顷、守冢户150家、佃户1500家、仪仗士20家。三月，赐韩国公李善长等6国公和延安侯唐胜宗等25侯及丞相、左右丞、参政等临濠山地658顷余。八月，赐沐英吴江县田12顷80亩。当年十月，据中书省的统计，李善长等6国公和唐胜宗等28侯，共拥有佃户达38194户。十二月，又赐中山侯汤和田万亩，并以千石田所收之租赐巩昌侯郭子兴。六年五月，复赐沐英安徽铜陵县田12顷40亩。十九年七月，“诏以凤阳府玉儿桥东西山场赐中山武宁王徐达家及韩国公李善长等凡十有四人”。二十五年三月，又赐江夏侯周德兴田27顷60亩。这些赐田，则由功臣自己管业而成为他们的私产，可由子孙世代相传。后来，嘉靖朝的夏言奉命查勘功臣田土后，就曾指出：“功臣之中，勋劳者至今仍有庄田”。除了赐田，朱元璋还在洪武五年十一月“诏建公侯第宅于中都”，洪武三年所封6公28侯，除华高在四年四月已死且无子嗣，未及修建宅第之外，其余6公27侯李善长、徐达、常茂、李文忠、邓愈、冯胜、汤和、唐胜宗、陆仲享、周德兴、华云龙、顾时、耿炳文、陈德、郭兴、王志、郑遇春、费聚、吴良、吴祯、赵庸、廖永忠、俞通源、杨璟、康铎、朱亮祖、傅友德、胡美、韩政、黄彬、曹良臣、梅思祖、陆聚均在中都建有宅第。十八年八月，又“赐公侯钞人一万锭，俾还乡建第宅”。除此前已在中都建宅者外，其他公侯也陆续在家乡建置宅第。此外，明廷还给官僚地主以优免徭役的特权。十年二月，朱元璋下令：“自今百司见任官员之家有田土者，输租税外，悉免其徭役”。十三年十二月，又规定：“凡功臣之家有田土，输税纳粮并应充均工夫役之外，如粮长、里长、水马驿夫等役悉免之。”退休官员也有免役特权，十二年八月规定：“自今内外官致仕还乡者，复其家终身无所与”，全部免除了一家的徭役。就连岁数大的富民，也赐给里士、社士、乡士的爵位，免其杂泛差役；败落的缙绅贫户，还可奏销豁免“税粮”。新旧地主的势力迅速膨胀，据洪武三十年四月户部的统计，仅浙江等9个布政司和直隶、应天18个府、州，占地7顷以上的地主就有14341户之多。

但是，地主阶级并不以此为满足，他们的胃口由于受到宋元以来不断发展的商品经济的刺激，变得更加膨胀，对财富的追求更加疯狂。奸顽豪富之家，用尽一切手段逃避皇朝的赋役，把负担转移到农民身上。两浙的地主，经常把自己的田产假写在亲邻佃仆名下，叫作“铁脚诡寄”，久之相习成风，乡里欺骗州、县，州、县欺骗府，奸弊百出，称为“通天诡寄”。他们还用包荒、洒派、移丘换段等手法，“靠损小民”。如镇江丹徒大地主曹定等人，将68顷98亩的熟地报作荒地，逃避税粮。洪武三年五月，仅苏州府拖欠秋粮就达305800余石。那些上升为新贵族的勋臣宿将，“既享爵禄，犹且贪心不已”，更是越礼犯分，诛求无度。他们拼命扩占土地，私纳奴婢，侵夺民财，驱役士卒，贪赃枉法，影蔽差徭，胡作非为，无所顾忌。丞相胡惟庸收受四方贿赂的金帛、名马、玩物，多至“不可胜数”。华云龙在北平占用故元丞相脱脱的宅第，“凡元宫龙榻凤裀及金玉宝器非人臣可僭者，皆用之弗疑”，后又借口“其第高旷，灾害屡生”，复役战疲之士、创残之民，重新翻盖，“奢丽过制特甚”。蓝玉“尝占东昌民田”，“多畜庄奴、假子数千人”，并叫家人“中云南盐万余引，倚玉势先支”，“又于本家墙垣内起盖房舍，招集百工技艺之人，在内居住，与民交易”。许多功臣的亲戚、家人甚至佃仆、火者，倚势冒法，横暴乡里，欺压百姓，“诸勋臣亦不禁戢”。如信国公汤和的姑父庸某，仗势蔑视法纪，“隐瞒常州田土，不纳税粮”。

衙门的官吏，往往便承袭元末官场腐败的风气，无视朝廷的法令，擅权枉法，贪污受贿，巧取豪夺，蠹政害民。明初，“中外贪墨所起，以六曹为罪魁”。中央的六部官员，“临政之时，袖手高坐，谋由吏出，并不周知”，搞起贪污，却精神百倍。如宝钞提举司与户部官相勾结，在洪武十八年（1385）二月到十二月印造钞币6946699锭，私藏1437540锭，分肥入己。刑部尚书开济执法犯法，收受囚犯贿赂，“以狱中死囚代而脱之”。兵部侍郎王志借勾补逃军等事，受贿22万。其他中央机构的违法贪污案件，也层出不穷。地方官吏更是群起效尤，横征暴敛。苏州知府陈宁督征税粮，“欲事速集，令左右烧铁烙人肌肤，人甚苦之，呼为陈烙铁”。浙江官府折收秋粮，按规定每米1石官折钞2贯，但州、县官吏巧立名目，“取要水脚钱一百文，车脚钱三百文，口食钱一百文，库子又要办验钱一百文，蒲篓钱一百文，竹篓钱一百文，沿江神佛钱一百文”。百姓每折钞2贯（2000文），就要缴纳7种附加税计900文，高达应交折钞的百分之四十五。嘉定县粮长金仲芳等三人，巧立名目多征钱粮，名目多到18种。粮长邾阿仍与谭理、徐付六等人勾结，巧立舡水脚米、斛面米、装粮饭米、车脚钱、脱夫米、造册钱、钱局知房钱、看米样中米、灯油钱、运黄粮脱夫米、均需钱、棕软篾钱等12种名目，计征收米37000石，钞11100贯。除应该征收的田赋米1万石外，共苛敛贪污米27000石，钞11100贯。农民交纳不起，就强迫以房屋准折，或者揭屋瓦卖牲口，甚至以衣服、缎匹、布帛、锅灶、水车、农具准折。卫所官军，也擅科民财，扰害百姓。如陈州卫指挥胡琏等6人，颍州卫指挥陈胜等19人，冒支官粮38万石，私分入己。杭州右卫指挥陈祥率军出海追捕倭寇，勾结令史魏克铭，阻挡捕鱼船只，勒索钱钞，拒不交纳者，概不放行，共“取受钞一千二十一贯入己”。

地主阶级贪得无厌的榨取，使元末农民战争后缓和下来的阶级矛盾很快又趋于激化。明朝建立以后，不少农民仍不顾朱元璋多次下令胁迫或派兵围剿，继续屯聚山林，不入户籍，不供赋役。陕西汉中一带，直到洪武七年（1374）冬，农民犹多屯聚深山，诛茅为屋，焚翳下种，“所种山地皆深山穷谷，迁徙无常，故于赋税，官不能必其尽实，遇有差徭，则鼠窜蛇匿”。在籍民户，也大批逃亡。如洪武五年，太原河曲等县“民多逃亡，负粮二千五百八十余石”。军屯的士卒，也纷纷逃亡，据大都督府奏报，仅从吴元年（1367）十月到洪武三年（1370）十一月三年间，全国逃亡军士达47986人。

有些地方的农民，还拿起武器，发动起义。由于明初在战乱之后，中原草莽，人民稀少，农民比较容易得到土地，江南则无此旷土流民，土地兼并比较严重。而且明初的田赋剥削，江南又较北方为重。因此，这个时期农民的武装斗争大多爆发于南方地区，遍及于湖北、江西、浙江、福建、广东、广西、云南、贵州、四川等地，尤以东南地区的起义最为频繁。参加起义的有农民，有士兵，有汉族，也有苗、瑶、僮（壮）等少数民族。很多起义者，继续利用白莲教的组织，以“弥勒降生”“明王出世”相号召。如洪武六年（1373）正月，蕲州民王玉二“聚众烧香”，密谋起义。同年四月，罗田县人王佛儿“自称弥勒佛降生，传写佛号”，鼓动起义。十四年八月，四川广安州山民“有称弥勒佛者”，集众密谋起义。另有一些起义者，则抛弃宗教外衣，提出了“铲平”口号，要求打碎明皇朝所恢复的封建秩序，铲除人间的不平等现象。如十五年十月，南雄侯赵庸镇压广东一支数万人的起义军，其首领即号称“铲平王”。

其次，地主阶级内部存在着尖锐的矛盾和斗争。一些曾经在元朝做过官的旧地主官僚，仍然忠于元朝，不与朱元璋合作。他们采取各种手段，拒绝朱元璋的征召，不肯为明朝效力。广信府贵溪县儒士夏伯启叔侄，各截去左手大指，立誓不到明朝做官。朱元璋派人把他们逮到京师，责问道：“昔世乱，汝居何处？”回答说：“红寇乱时，避兵于福建、江西两界间。”朱元璋大怒：“朕知伯启心怀忿怒，将以为朕取天下非其道也。”派人把他们押回原籍“枭令”，籍没全家。苏州人姚闰、王谔以儒学被荐，都躲藏起来，不肯去京师做官食禄，后来也被枭令，籍没全家。扬州人李征臣，做过元朝的翰林待诏，入明后拒不出仕，家属全被杀光，他仍坚不屈从，被谪戍宁夏。山阴人杨维桢，元泰定四年（1327）考中进士，曾做过元朝小官，以诗歌创作闻名于世。洪武二年（1369），朱元璋派翰林詹同持币造访，召他参加礼乐书的修纂，他婉辞不就，说：“岂有老妇将就木，而再理嫁者邪？”翌年，朱元璋叫地方官府催逼上路，他又赋《老客妇谣》，并说：“皇帝竭吾之能，不强吾所不能则可，否则有蹈海死耳！”朱元璋还是要他进京，说等拟好礼乐书的编纂体例，放他回去。他到南京住了110天，果然就收拾行装回家。回回巨商的后裔、诗人丁鹤年，“自以家世仕元，不忘故国”，元顺帝北逃后，“饮泣赋诗，情词凄恻”。为逃避征召，晚年学佛法，庐居父墓，到永乐时才死。山阴人张宪，曾仕张士诚，任枢密院都事，张士诚灭亡后，变易姓名，寄食杭州报国寺直至身死。浦江人戴良，朱元璋亲征婺州时，与胡翰等12人同被征召，翌年被授为学正。但他“不忘故主”，等朱元璋返回应天，就“弃官逸去”，投奔张士诚。张士诚即将垮台时，又携家潜回山东登、莱，想投奔扩廓帖木儿，因路途受阻，在昌乐住下。洪武六年，举家南还，改名换姓，隐居四明山。十五年，朱元璋召他到南京，“命居会同馆，日给大官膳”，想给他官做。他以老疾固辞，翌年四月自杀身亡。江阴人王逢，张士诚据吴时，他献策劝其弟降元以对抗朱元璋。朱元璋灭张士诚后，想起用他，他坚卧不起，“隐上海之乌泾，歌咏自适”。听到元顺帝子爱猷识里达腊即位，改元宣光，作《秋感六首》，诗曰：“本是宣光中兴日，腐儒长夜泣遗编”，“心自隐忧身自逸，几时天马渡滹沱”。

明朝统治阶级内部，也是矛盾重重。由起义将领转化而成的新地主官僚和先后投奔朱元璋的旧地主官僚，在明朝建立之后，大多迅速腐化。他们为了满足自己的贪欲，不仅在经济上追求更多的土地和财富，而且在政治上追逐更大的权力，彼此勾心斗角，互相倾轧，形成尖锐的冲突。

此外，明朝还面临着其他一些社会矛盾。除北元势力的骚扰外，亡命海上的张士诚、方国珍余部仍继续与明朝为敌。他们有的结交明朝内部的农民起义队伍，如吴元年（1367）四月，张士诚故元帅府副使韩复春、施仁济即与上海钱鹤皋联合起兵，从事反明活动。有的还勾结其他国家的海上势力，“东借日本之诸岛悍夷以为爪牙，而西南借交趾（今越南北部）、占城（今越南中部和南部部分地区）、阇婆（今印度尼西亚爪哇岛）、暹罗（今泰国）以为逋薮……而又内结山寇，以为腹心之援”，甚至导倭人寇，骚扰沿海州、县。云、贵、川、广等地的少数民族上层分子，也时服时叛，破坏国家的统一。元代以来不断侵扰我国沿海地区的倭寇，明初亦“乘中国未定”，“率以零服寇掠沿海”，危害明朝的国家主权。

错综复杂的社会矛盾，使得明初的社会动荡不安，很不稳定，严重影响明朝的巩固。这种状况，引起了地主阶级的极大忧虑。我国自宋代以来，地主土地所有制和佃租制得到普遍发展。在地主土地所有制和租佃制之下，封建地主对土地的占有是不固定的。对佃农的占有也不稳定，同时地主本身又没有亲自掌握行政、司法和军事权力，对佃农的超经济强制相对削弱。但是，没有超经济强制，也就没有封建的剥削。这样，就要有一套凌驾于整个社会之上的完整而复杂的官僚机构，来专门掌握行政、司法和军事权力，代表地主阶级的意志，对农民实行超经济强制，以保证地主对农民剩余劳动的榨取。因此，地主阶级迫切希望朝廷能进一步加强封建专制主义的中央集权制度，以便巩固封建统治，强化对农民的超经济强制。

面对动荡不安的政治形势，朱元璋更是“如履渊冰”，“忧虑积心”。起义之前，三年多的流浪生活，使他多少沾染上一些游民习气，形成猜忌、残忍的阴暗心理。战争期间，个别将领的背叛，又加重了他的猜忌心理。明朝建立后，农民的纷起反抗，臣僚的越礼非分，加上北元势力的骚扰等，更使朱元璋的神经处于一种高度紧张的状态，越发变得多疑和残暴。他时刻担心有人谋夺他的宝座，自己的子孙不能永坐江山，以至于每晚睡觉，经常“夜起窃听，四外无人声，方就安寝”。为了朱明皇朝的长治久安，他决心采取各种手段，不惜一切代价，扩充自己手中的权力，进一步强化封建专制的中央集权制度。