朱元璋的休养生息政策，贯穿着“重本抑末”的总原则，以维护“农不废耕，女不废织”的自给自足的自然经济。在中国古代的传统观念里，“本”是指农业，“末”指的是工商业，汉代以后则多指商业。但农业、手工业与商业并非绝对对立的，自然经济也并不完全排斥商业经济，无论是地主、农民或其他的社会阶层，他们所必需的生产资料和生活资料，都不可能做到全部自给自足。朱元璋深明此理，说：“《中庸》曰：‘来百工也。’又，古者日中而市。是皆不可无也。”因此，他对商业也颇为重视。明朝建立前，朱元璋已在其辖区普遍设立流通商品的税收机构，在应天称为宣课司，在府、州、县称为通课司，在水域关津去处还设立竹木抽分场。明朝建立后，京师的税收机构仍称宣课司，在府者改称税课司，在州、县者改称税课局，并在一些市镇设立分司、分局，共有400余所，按龙凤十年（1364）“三十税一”的规定征收商税。竹木抽分场曾于洪武十三年（1380）撤销，二十六年复设于南京的龙江和大胜港，对过境的贩卖竹木收取实物税：芦柴、茅草、稻草等，三十分抽一；杉木、软篾、棕毛、黄藤、白藤等，三十分抽二；松木、松板、杉篙、杉板、檀木、黄杨、梨木、杂木、锄头柄、竹扫帚、茭苗笤帚、猫竹、水竹、杂竹、木炭、煤炭、竹交椅、筀竹、黄藤鞭杆、木柴、箭竹等，十分抽二。

为了加强对市场的管理，净化交易环境，洪武元年朱元璋诏中书省：“命在京兵马指挥司并管市司，每三日一次校勘街市斛斗、秤尺，稽考牙侩（经纪人）姓名，平其物价。在外府、州各城门兵马，一体兼领市司。”由负责治安的京师五城兵马指挥使司和各府、州、县的兵马司兼管城镇的商业活动，包括校勘度量衡、稽考牙侩和评定物价等。商人外出经商，必须报请官府批准，领取“关券”，“凡商贾赍货于四方者，必先赴所司起关券”。所谓“关券”，就是“商引”，也称“路引”“物引”，上面载明商人所携带的金钱、货物及其“所趋远迩水陆”。如无商引，坊厢村店必须把商人拿赴官府，治以游食，重则杀身，轻则黥窜化外。商人住进客店，必须在“店历”即店簿上登记姓名人数、起程月日，以便“所司查照”。商人必须按照规定的税率纳税，否则要遭到惩罚，“凡客商匿税及卖酒、醋之家不纳课程者，笞五十。物货、酒、醋一半入官”。市场使用的度量衡，由工部统一标准，“凡度量权衡，（工部）谨其校勘而颁之，悬式于市，而罪其不中度者”。凡是私造斛、斗、秤、尺，把持行市、哄抬物价的，都要治罪。有些牙侩操纵市场，盘剥商人，洪武十九年曾下令禁止牙侩，规定全国府、州、县、镇店，不许有官牙、私牙。一切客商应有货物，照例纳税之后，听从发卖。“敢有称系官牙、私牙，许邻里坊厢拿获赴京，以凭迁徙化外。若系官牙，其该吏全家迁徙。敢有为官牙、私牙，两邻不首，罪同”。不过，到洪武末年又恢复官牙的设置，但仍禁私牙。洪武三十年颁布的《大明律》规定：“凡城市乡村诸色牙行及船埠头，并选有抵业人户充应。官给印信文簿，附写客商客户住贯、姓名、路引字号、物货数目，每月赴官查照。私充者，杖六十，所得牙钱入官。官牙埠头容隐者，笞五十，革去。”

对海外贸易，则由吴元年（1367）十二月设立的市舶司加以管理。这一机构最初设于太仓黄渡。洪武三年（1370），以其地近京师而罢撤。同年，改置泉州、明州、广州三市舶司。民间私人出海贸易，必须事先请领商引即路引，出海归来，必须报官抽分，“凡泛海客商，舶船到岸，即将货物尽实报官抽分。若停塌沿港土商牙侩之家不报者，杖一百；虽供报而不尽者，罪亦如之。货物并入官。停藏之人同罪。告获者，官给赏银二十两”。在此期间，由于张士诚、方国珍的余党窜踞一些沿海岛屿，日本的倭寇又不时前来骚扰，朱元璋担心他们互相勾结，曾下令禁海，至洪武四年十二月籍方国珍余部充当沿海卫所戍兵时，乃下令“禁濒海民不得私出海” 。洪武七年九月，取消泉州、宁波和广州三个市舶司，不久复设，后又复废。此后，除官方的贡赐往来，私人的海外贸易就被禁止了。

朱元璋认为，商贾可以“通有无” ，对他们不宜过分苛取。洪武年间的商税仍维持建国前“三十税一”的税率，“过者以违令论”。有些官吏超额征课，朱元璋即严加训斥和惩处。彰德税课司的官吏，连蔬菜瓜果、饮料食品和畜牧之物都要征税，他“闻而黜之”。广东南雄商人运货入京出售，到长淮关，“关吏留而税之，既阅月而货不售”，商人向官府告状，刑部议其罪当记过，朱元璋命杖其吏，夺其俸禄赔偿商人。山西平遥主簿成乐秩满入朝，州官为他做了个“能恢办商税”的考课评语，朱元璋说：土地所产有常数，官府所取有常制，商税自有定额，何待恢办？若额外恢办，岂不要苛剥于民？主簿之职是佐理县政，抚安百姓，岂以办课为能？若只以办课为能，其他政绩一无可称，是失职矣！随即命吏部“移文讯之”。洪武初年，各个税课司、局征税的数额，皆以司、局设置第一年所征的税额为准，固定不变，如不足额，就责令当地商民赔纳。洪武十年（1377）三月，户部报告全国税课司、局有178处征税达不到规定的数额，朱元璋派人前去核实，重新确定税额。但是，解缙的《献太平十策》对这种硬性规定各税课司、局固定税额的做法提出异议，指出：“今税有定额，民必受害。宜令各处税课随时多少，从实征收。”十三年，吏部建议撤销税收额米不足500石的税课司、局，朱元璋于是下令裁撤了364个税课司、局。同年，还谕户部臣：“曩者奸臣聚敛，深为民害，税及天下纤悉之物，朕甚耻焉。”除过去所规定的书籍、农具免税之外，又规定：“自今如军民嫁娶丧祭之物，舟车丝布之类，皆勿税。”二十年九月，户部奏报全国税课司收税比往年减少，请求以洪武十八年所收税额立为商税的定额，朱元璋没有同意，批复说：“商税之征，岁有不同。若以往年概为定额，苟有不足，岂不病民？宜随其多寡，从实征之。”这次，他终于接受解缙的意见，将商税的征收由定额制改为实征制。明代各城镇都设有官、私客店，供过往商人住宿。洪武年间，京师人口密集，军民住宅连廊栉比，没有空地。许多商人到京，货物无处存放，只好留在船上，或者寄存在城外老百姓的家里，牙侩乘机压价，迫使商人贱价出售，商人深以为苦。朱元璋了解到这一情况，二十四年八月，命工部在三山门等门外濒水之处盖了几十座房子，称为“榻坊”，让商人存放货物。商人到京后，将货物存在榻坊，上了税即可自相贸易，“商旅称便”。榻坊刚盖好时，有些官吏连贫民负贩也要收税，朱元璋知道后，又下令“禁之”。

在农业和手工业发展的基础上，农产品和手工业产品越来越多地投向市场，因元末的长期战乱而陷于停滞的商品货币关系又开始缓慢地复苏。加上朱元璋采取轻税、保护的政策，商业也逐步繁荣起来。城市成为商品的生产和销售中心，设有许多手工业作坊和批发商号，聚集着大量手工业工人和小商贩，人口急剧增长，呈现一派欣欣向荣的状态。

首都南京，洪武十一年（1378）改称京师，辖有上元、江宁二县。由于这里地理条件十分优越，素有“龙蟠虎踞”之称，早在2400多年以前的春秋末期，即已有了城市的建设。后来东吴、东晋、宋、齐、梁、陈和南唐等朝先后在此建都，使之逐渐发展成为一个繁华的大城市。但是，在龙凤二年（1356）三月朱元璋率部攻占这座城市后，李善长“籍军民凡五十万”，这些人后来随着朱元璋队伍的南征北伐而远走四方，其余的土著人口大多也在洪武建国之后被徙置云南，因此，洪武初年南京的人口数量不是很大。据统计，洪武四年关厢的军民官吏有人户“凡二万七千一百五十九”，大约10多万人，另有驻京军士143200余人，总人口约有25万余人。此后，除淮西勋贵及其家属入住京城，朱元璋又不断下令从各地调入吏员、军士、力士、富户、仓脚夫和工匠。如十二年四月，令浙江杭州诸府募民1347人，入京充当力士、校尉；十八年六月，调各地“民丁充力士者”14200余人入住京城；十九年八月，从直隶应天诸府选富民子弟1460人赴京补吏；二十四年七月，谕工部曰：“昔汉高祖徙天下豪富于关中，朕初不取。今思之，京师天下根本，乃知事有当然，不得不尔。朕今亦欲令富民入居京师，卿其令有司验丁产殷富者，分遣其来。”工部于是徙全国富民5300户于京师；二十八年十一月，诏从直隶、苏州等17府、州及浙江等6布政司所属府、州、县征调小民2万户赴京，占籍上元、江宁二县，“以充各仓夫役，名曰仓脚夫”。此外，洪武、永乐时还曾“起取浙江、江西、湖广、福建、南直隶滨江府、县居民四百余户，来京造船，隶籍提举司，编为四厢”。京师的人口因此不断增加，到洪武二十四年，上元已有“户三万八千九百有奇，口二十五万三千二百有奇”，江宁已有“户二万七千有奇，口二十二万有奇”，合计有66900多户、473000多人，加上京师驻军，当有65万人左右，如再加上国子监生、轮班工匠和来京商人等非常住人口，人口总数可能达到八九十万人。后来，京师人口还在陆续膨胀，达到“比舍无隙地”的地步。

京师的手工业非常发达，丝棉纺织业、造船业、印刷业尤为有名，金银首饰、铜铁器、乐器、弓箭、鞍辔等的制作也有较高的水平。官营手工业作坊的规模很大，除有大批终身服工役的住坐匠之外，还有大量从各地轮流赴京服工役的轮班匠。据洪武二十六年的规定，当时全国232000余名轮班匠，就有129900余人在京师上班服役。除了官营手工业作坊，京师还有许多民营的手工业作坊和店铺，“百工货物买卖，各有区肆”。如铜、铁器在铁作坊，皮市在笪桥南，鼓铺在三山街口、旧内西门之南，履鞋在轿夫营，帘箔在武定桥之东，伞在应天府街之西，弓箭在弓箭坊，木器南在钞库街、北在木匠营，绸缎在织锦坊，颜料在颜料坊，毡毯在毡匠坊。除固定的店铺之外，还有许多小商小贩，在闹市的路旁搭棚披厦，进行各种贸易活动。此外，在人烟稠密的闹市区和各地商人经常出入的各座城门外，还建有十几个市集。如大市，在旧天界寺门外的大市街，百货齐集；大中街市，在大中桥西，三山街市，在三山门内斗门桥左右，时果所聚；新桥市，在新桥南北，鱼菜所聚；来宾街市，在聚宝门外，竹木柴蔬等物所聚；龙江市，在金川门外，柴炭等物所聚；江东市，多聚客商船只米麦货物；北门桥市，在洪武门街口，多售鸡鹅鱼菜等物；长安市，在大中街东，内桥市，在旧内府西，聚卖羊只牲口；六畜场，在江东门外，买卖马、牛、驴、骡、猪、羊、鸡、鸭等畜禽；上中下榻房，在清凉门外，聚卖缎匹、布帛、茶、纸、蜡等货物；草鞋夹，在凤仪门外江边，屯集栰门。为了便于各地客商的往来，官府还在京师的长安街口、竹桥北、通济街西和江东门内南北街各开设一处客店，并在通政司、鼓楼、应天府、安德门外和太平门外各设置一处邮铺。同时，还建造16座楼，以待四方工商贾士大夫，用官妓无禁。据周晖《金陵琐事》的记载，这16座歌妓酒楼在城内者曰南市楼、北市楼，在聚宝门外之西者曰来宾楼，在聚宝门外之东者曰重译楼，在瓦屑坝者曰集贤楼、乐民楼，在西关中街北者曰鹤鸣楼，在西关中街南者曰醉仙楼，在西关南街者曰轻烟楼、淡粉楼，在西关北街者曰柳翠楼、梅妍楼，在石城门外者曰石城楼、讴歌楼，在清凉门外者曰清江楼、鼓腹楼。洪武进士李泰曾集诗句描述16座楼的繁华景象，“于北市（楼）则云‘极目乱红妆’，于集贤（楼）则云‘妙舞向春风’，于清江（楼）则云‘时啭遏云声’，于鼓腹（楼）则云‘舞破日初斜’，于石城（楼）则云‘翠袖拂尘埃’，于来宾（楼）则云‘烟花象外幽”。此外，还建有一座专供商贾娱乐，禁止文武官员及舍人进入的富乐院。所有这一切，使京师显得异常繁荣。

除了京师，北平、苏州、松江、镇江、淮安、常州、扬州、仪真、杭州、嘉兴、湖州、福州、建宁、武昌、荆州、南昌、吉安、临江、清江、广州、开封、济南、济宁、德州、临清、临桂（桂林）、太原、平阳、蒲州、成都、重庆、泸州等地，也是明初著名的工商业城市。此外，各地还兴起一批小市镇，如吴江县的平望镇，明初已有“居民千百家，百货贸易如小邑”；严墓市“明初以村名，时已有邸肆”，它们到明代中后期都发展成为商业繁盛的市镇。

朱元璋在恢复和发展社会生产、整顿工商业的同时，还进行货币的改革。从龙凤七年（1361）起，朱元璋下令在应天置宝源局，铸“大中通宝”钱代替不断贬值的元朝纸币，与历代铜钱并用。平陈友谅后，命江西行省置泉货局，颁“大中通宝”钱大小五等钱式，使铸之。即帝位后，又铸“洪武通宝”钱，“其制凡五等：曰‘当十’‘当五’‘当三’‘当二’‘当一’。‘当十’钱重一两，余递降至重一钱止”。各行省皆设宝泉局，与京师的宝源局共同负责铸钱。各地所铸的铜钱，都在背面铸明产地，如京师宝源局铸“京”字，各行省宝泉局铸“豫”“浙”“福”等字。后来，京师宝源局铸钱，大多不再铸“京”字，民间以为无“京”字的是私铸的钱，不肯使用。洪武四年（1371），又下令改铸大中、洪武通宝大钱为小钱。六年，禁止民间私自铸钱，“凡私铸者，许作废铜送官，每斤给官钱一百九十文。诸税课内如有私钱，亦为更铸”。

铸钱需要用铜，洪武年间铜矿开采不多，铜较缺乏。尽管官府时常责令百姓交铜，迫使他们砸毁铜器交给官府铸造铜钱，但数额毕竟有限，因此铜钱数量不多，无法满足流通的需要。一些不法奸民遂私自铸钱，扰乱市场。而且铜钱分量重，价值低，不便携带，“不可致远”，商人因此多“沿元之旧习用钞”，不愿使用铜钱。这迫使朱元璋加紧谋划纸钞的发行。

纸钞的印造成本较低，不过宋元发行纸钞需要预先筹集一笔不菲的储备金。明朝刚建立之时，国库空虚，而又百废待兴，根本无法筹措到巨额的储备金。朱元璋于是考虑依据政权的力量和信用，发行一种不需要金银做抵押，不需要铜钱做保证，也不依赖于任何实物的纯信用钞币，这样既不需要国库筹措储备金，而且反过来可以借助发行钞币让国库迅速充裕起来。信用是货币流通的基础，朱元璋对自己所建立的明政权是充满自信的。因此，尽管此前没有人这样做过，朱元璋还是决心尝试一下。洪武七年九月，他下令设立宝钞提举司，稽考宋元发行纸币的办法，进行印造钞币的准备。翌年三年，下诏命中书省印造“大明通行宝钞”。大明宝钞以桑穰为纸料，纸质青色，“高一尺，阔六寸许”，外为龙纹花栏，上头横额有“大明通行宝钞”六个字，其内上栏两旁有篆文小字，右旁是“大明通宝”，左旁是“天下通行”，其中图绘钱贯形状，以10贯为一串，下栏是“中书省奏准印造大明宝钞，与铜钱通行使用，伪造者斩，告捕者赏银二百五十两，仍给犯人财产”。背和面都加盖朱印。大明宝钞分1贯、500文、400文、300文、200文、100文六种，1贯的钞币上画钱10串，500文的画5串，以下各画4串、3串、2串、1串。1贯准铜钱1000文，白银1两，4贯准黄金1两。大明宝钞，无论是大钞还是小钞，钞币的纸张都比前朝的要大，成为我国历史上最大张的钞票。十三年，朱元璋下令废中书省，铸钱归工部，造钞归户部，新发行的宝钞将钞面文中的“中书省”改为“户部”，与旧钞一并流通。十六年，设户部宝钞广源库、广惠库掌管钞币的回收与发行，“入则广源掌之，出则广惠掌之”。二十二年，复造小钞，自10文至50文，以便民用。

宝钞印行后，朱元璋曾下令罢宝源局、宝泉局，停止铸钱。洪武十年（1377），复令各布政司设宝泉局，铸小钱与钞币兼行，百文以下只使用铜钱。二十二年六月，工部尚书秦逵奏言：“鼓铸铜钱本与宝钞相参行使，不宜停罢，请仍收废铜铸造，以便民用。”朱元璋从之，并采纳工部主事徐观的建议，更定钱制，规定每生铜1斤，铸造小钱160枚，或者铸“当二”钱80枚，铸“当三”钱54枚，铸“当五”钱32枚，铸“当十”钱16枚。并恢复江西、河南、广西、陕西、山西、山东、北平、四川等八个布政司所辖的宝泉局。后来，由于钞币贬值，二十三年十月，又谕户部尚书赵勉：“近闻两浙市民有以钞一贯折钱二百五十文者，此甚非便。尔等与工部议，凡两浙市肆之民，令其纳铜送京师铸钱，相兼行使。”于是再次更定钱制，规定每小钱1文，用铜2分，其余四等钱依小钱之制递增。凡钞1贯，准钱1000文。到二十六年七月，因铸钱扰民，诏罢各布政司宝泉局，只保留京师的宝源局一个机构继续铸钱。

为了保证钞币的流通，朱元璋在命令印造大明宝钞的诏书里规定：“禁民间不得以金银物货交易，违者治其罪，有告发者，就以其物给之。若有以金银易钞者，听。凡商税课程，钱钞兼收，钱什三，钞什七，一百文以下则止用铜钱。”后来，以钞用久昏烂，立“倒钞法”，令各布政司设行用库，允许军民商贾用昏烂旧钞到行用库换取新钞，量收工墨费。在外卫所军士，每月食盐皆给钞购买，各盐场的工本米也改给工本钞。洪武十八年（1385），天下有司的官禄米也全部改发钞币，每米1石给钞2贯500文。

大明宝钞不是根据国家的财力而是依据国家财政开支的需要来印造的。从洪武八年开始印造，除个别年份因国家财政需要已经满足，如十七年因“国用既充，欲轻匠力”而下令停造之外，几乎年复一年地进行。印造的数额史无明载，不过《大诰续编·钞库作弊第三十二》载明洪武十八年造钞6946599锭的数字。明制以钞5贯为1锭，这笔钞款为3400多万贯。从八年到三十一年朱元璋去世共23年，假设其间有3年停造，则印钞的时间长达20年，总计大约印造了68000万贯。开头几年，由于钞币印造的数量有限，尚能和物价保持一定的比例，受到人民的欢迎。但后来，钞币逐年印造，数量越来越多。而且钞币又基本上是只放不收。九年七月，朝廷立“倒钞法”，设立宝钞行用库，允许百姓以昏烂钞币换取新钞，“每昏烂钞贯，收工墨直三十文，五百文以下递减之”。《明太祖实录》二十三年十月己未条又载：“复出新钞，于承天门外听民易换，命行人主之，凡五阅月复罢”。这次以旧钞换新钞，只限于京师一地。但到十三年五月，户部报告“在外行用库裁革已久，今宜复置”，说明在外行用库存在不到四年就废除，收换旧钞的工作已告停止。十三年五月复置行用库，只过了半年，又“罢在京行用库”。按照明代的惯例推测，京城之外的行用库当在此前已经罢撤不存。二十五年二月，复开行用库于京师东市，但“行之逾年而复罢”。此后，便不再见有收换旧钞的记载。因此，当时人实际上难有以昏钞换新钞的机会，钞币基本上处于只放不收的状态。加以当时钞币的印造很不精致，缺乏防伪措施，容易仿制，伪钞屡屡出现。如在两浙和江西，官府就曾破获一起伪造宝钞的大案，处决了以句容县民杨馒头为首的一大批案犯。由于宝钞的印造没有限额，加上伪钞大量流入市场，导致钞币不断贬值。洪武二十三年，两浙一带，钞1贯只折钱250文，币值下降了四分之三。二十七年，又降到折钱160文，竟跌了五分之四还多。在正常的状态下，随着经济的发展，人民消费量的提高，货币会有小幅度贬值。但大明宝钞如此大幅度贬值，就不是一种正常的现象。因此，一些地方便出现宝钞阻滞不行的问题。朱元璋于是下令，限军民商贾在半个月内将所有铜钱都送到官府更换钞币，以后只许流通钞币，禁用铜钱，“敢有私自行使及埋藏弃毁者罪之”。尽管如此，钞币还是继续贬值，到洪武三十年，杭州诸郡商贾，不论货物贵贱，一概以金、银定价，不用钞币。当年三月，朱元璋又再下令：“禁民间无以金、银交易。”

尽管如此，由于朱元璋强化君主专制中央集权制度，整肃贪腐，打击豪强，社会日趋安定，“下逮仁、宣，民人安乐，吏治澄清者百余年”，社会经济向前发展，国库充盈，在洪、永、熙、宣的整个明前期，呈现“百姓充实，府藏衍溢”的景象。大明宝钞依靠皇朝的信誉和专制权力，不仅在洪武朝，而且下逮永乐、洪熙、宣德都在流通使用。宣德三年（1428）六月，明宣宗下令停印宝钞。此后朝廷不再印造新钞，但此前印造的钞币仍在继续使用。直到明中期，大明宝钞才退出商品流通领域，只使用于与国家财政有关的某些方面，如皇帝用钞赏赐臣下或外国宾客，民间交易则使用白银和铜钱。到隆庆元年（1567），明穆宗正式下诏，“令买卖货物，值银一钱以上者，银、钱兼使；一钱以下者，止许用钱”，正式以法权形式承认白银货币的合法地位。

朱元璋是世界历史上发行纯信用纸币的第一人。由于没有现成的经验可供借鉴，大明宝钞的印造和发行不可避免地存在许多弊病。但无可否认，钞币的发行，对明初的商业和整个社会经济的恢复发展，还是发挥了一定的作用。