1336—1392年日本内战
曾倒戈支持后醍醐天皇(1287－1339)灭掉幕府的足利尊氏将军(1305－1358)不久转而反对后醍醐天皇。1335年8月，足利尊氏任征东将军，领兵收复了当年7月被北条氏余党攻占的镰仓，并驻守此地，对京都朝廷举起叛旗。其弟足利直义也迫回镰仓，兄弟二人遂合兵征讨掌握朝廷军权的新田义贞向京都进军，并于翌年1月占领了京都，不久，足利尊氏兄弟又被北富显家、新田义贞、楠木正成等人的军队逐出京都。于是，兄弟二人逃往九卅，得到当地少贰、大友、岛津等人的支援，再次率大军进攻京都，酿成波及全日本的大乱。1336年5月，足利尊氏在兵库的溱川打败了新田义贞和楠木正成的军队，进入京都，后醍醐天皇被监禁。足利尊氏立即拥立持明院系统的光明天皇。1337年初，后醍醐天皇逃出京都，于大和的吉野，成立朝廷，自称正统天皇。从此开始了所谓南朝(吉野朝)和北朝(京都朝)之间的战争。战乱席卷全日本，封建领主们摇摆不定，盗贼土匪横行乡里。这一动乱时期史称“变节者时代”(“The Age of the Turncoats”)。南朝得到反对足利派武士的支持后，得势一时。1338年，新田义贞、北富显家等著名武将相继战死。足利尊氏于同年取得北朝天皇授予的征夷大将军称号。1339年，后醍醐天皇病死吉野山中。但南北朝的战争依然继续进行。1358年，足利尊氏病死，其子足利义诠当上第二代将军。1368年，足利义满继任第三代将军后，出现了足利氏的全盛时代。足利氏恢复同中国和朝鲜的友好关系，镇压海盗，并在农村恢复正常秩序。1392年，足利氏力劝南朝天皇退位，把权力移交给北朝天皇。退位的南朝天皇除得到一笔数目可观的津贴外，还被追认为前任天皇。此后，各家族间的世仇争斗虽在各府持续多年，但从全局看，日本国内出现安定局面，与邻国关系和睦。北朝的后小松天皇成为唯一的天皇，但无任何实权，只能仰赖足利义满幕府的保护。