人身保护令的停止
尽管联邦宪法第一条第九项禁止国会停止执行人身保护令(遇内乱或外患公共治安要求停止人身保护令时除外),但林肯总统在未得到国会授权的情况下于1861年7月2日授权斯科特将军停止执行人身保护令。直到1863年3月3日国会才授权林肯总统在战争期间行使这项权力。林肯根据这项权力下令逮捕和关押赞成脱离联邦的马里兰州议会议员,并不准他们援引人身保护令。此外,还逮捕了反对联邦军事政策的人,其中有些人是在实际交战地区以外被逮捕的。尽管有好几个案件被提交给美国最高法院审理,但林肯的权力从未受到成功的挑战。在这些案件中,最重要的是1861年梅里曼单诉案和1866年米利根单诉案。据估计,在这一时期,有13500人不受人身保护令的保护而被捕,有400家报纸被勒令停刊。