阿扎寺主殿坐北朝南,建筑面积约3300平方米。由堪琼·白玛桑布于奔波旺时期建造。主殿为三层建筑,寺内主供释迦牟尼塑像。
主殿三层建在后部,是一间两根柱子的小佛殿。佛殿前面是空地。站在这里可遥望到波浪翻滚的雅鲁藏布江。