同所有封建皇帝一样，朱元璋除原配夫人马皇后外，还拥有众多的妃嫔宫女。据《明史》记载，他共有后妃15人。据《国榷》记载，则有20人，除马皇后外，还有胡充妃、孙贵妃、李淑妃、郑安妃、崔惠妃、掑妃、达定妃、郭宁妃、郭惠妃、胡顺妃、韩妃、余妃、杨妃、周妃、赵贵妃、李贤妃、刘惠妃、葛丽妃和没有名号的郜氏。实际上，他的妃嫔远不止这些。据《万历野获编》的记载，朱元璋死后“帝后以下附葬者，妃嫔共四十人”，可谓妻妾成群。朱元璋的这群后妃，先后共为他养育了26个儿子、16个女儿，组成一个多妻多子的大家庭。

朱元璋的众多妃嫔中，有一位郭惠妃，是郭子兴的小张夫人的亲生女儿。她自小与马皇后一起长大，后来也嫁给朱元璋，生了三个儿子和两个女儿，即蜀王、谷王、代王、汝阳公主和永嘉公主。其他妃嫔，有的是从民间征选的，如李淑妃、郭宁妃、胡妃等。胡妃是濠州人，守寡在家，朱元璋想娶她，她母亲不同意。后来朱元璋听说胡家迁到淮安，写信请平章赵君用帮忙，赵君用派人把她母女送来。他还曾看中右相国李善长部下宣使熊义的妹妹，“令都事张来释为媒，通言于熊义母，允，纳聘财讫，择日归内”。不久，张来释来报，说“熊氏女许参政杨希武（宪）弟杨希圣久矣”。朱元璋大怒，说：“汝既为媒，令臣民知我之过。”立即令将士把张来释押到内桥，斫成肉泥，并到熊家追回聘礼，“仍令与希圣为婚”，但杨希圣“终不敢娶”。有的妃嫔是降将进献的。如陈友谅的江西行省丞相胡廷瑞（后改名胡美）在龙兴降，将自己的长女献给朱元璋。他因此留任原职，后屡功被封为侯。不料，洪武十七年却被列为胡党，以“因长女为贵妃，偕其子婿入乱宫禁”的罪名，“子婿刑死，美赐自尽”。有的妃嫔原是陈友谅的妃子，关于这事，朱元璋在《大诰》中曾有一段自白：“当未定之时，攻城略地，与群雄并驱十有四年余，军中未尝妄将一妇人女子。惟亲下武昌，怒陈友谅擅以兵入境，既破武昌，故有伊妾而归。”有的妃嫔则来自元宫，严从简《殊域周咨录》载：“初，元主尝索女子于高丽，得（周）谊女，纳之于宫中，后为我朝中使携归（时宫中美人有号高丽妃者，疑即此女）。”朱元璋的妃嫔，大多数是汉族女子，但也有高丽女子和蒙古女子，如周妃、韩妃是高丽妃子，燕王和周王的生母掑妃是蒙古妃子。

众妃嫔中，孙贵妃最受朱元璋的宠爱。她是陈州人，因父亲孙和卿仕元为常州府判，随父住在常州。元末农民起义爆发后，父母俱亡，与大哥孙瑛、二哥孙蕃出外避难，大哥途中失散，她随二哥孙蕃逃到扬州。青军元帅马世熊攻破扬州，孙蕃死亡，她被马元帅收为义女。十八岁时，被朱元璋纳为姬妾。孙氏聪慧漂亮，且熟知礼法，马皇后夸她是“古贤女”。朱元璋即位后，册为贵妃，位居众妃之上，“助马皇后摄六宫事，后以慈，妃以法，相济得治”。由于她的关系，大哥孙瑛被授为行省参政。洪武七年病死，朱元璋非常悲伤，赐谥“成穆”。因为她只生了四个女儿，没有儿子，命周王朱狘为她服丧三年，太子及诸王一年，并令儒臣作《孝慈录》，规定庶子必须为生母服丧三年，众子为庶母服丧一年。

受到朱元璋宠爱的还有李淑妃和郭宁妃。李淑妃是寿州人，父亲李杰在洪武初年以广武卫指挥北征，死于战阵。她在龙凤元年（1355）为朱元璋生下长子朱标，即懿文皇太子。后来，又生了两个儿子，即秦王和晋王。由于马皇后无子，她所生的三个儿子都归马皇后抚养。因为皇太子是她生的，所以朱元璋对她倍加宠爱，封为贤妃。洪武十七年九月，马皇后服除，又册封为淑妃，摄六宫事，并提拔她的两个哥哥为金吾指挥，与锦衣卫同掌诏狱。她为人多智术，“事上有礼，抚下有恩，遇事有断，内政悉委之”。朱元璋常以难事问她，她分析得有条有理，出人意料，朱元璋夸她是“班婕妤之流也”。燕王为夺取帝位，曾收买一名宫女结纳李淑妃，要她赞成易储，她委婉谢绝：“妾备位嫔□，所任者，浣濯庖厨之责，储位大事，非妾所知。”消息传开，群臣都赞扬她贤惠。郭宁妃是濠州郭山甫的女儿。传说郭山甫喜欢给人相命，曾给自己的儿子郭兴和郭英看相，说他们将来皆可封侯。有一天，朱元璋在钟离招兵路过他家，他一见大惊，说他的相貌贵不可言，叫夫人赶快设宴招待。又对郭兴和郭英说：我给你们看相，看出你们将来都可以封侯，而能给你们封侯的人，就是他啊。便叫他们收拾行装投奔朱元璋，并把女儿打扮一番，送给朱元璋做姬妾。后来，朱元璋封她为宁妃，李淑妃死后，又令其摄六宫事。其兄郭兴后以战功封巩昌侯，郭英封武定侯。郭宁妃生一子，即鲁王朱檀。

朱元璋对后宫管束极严，妃嫔稍有不慎，即处以重刑甚至杀死。郭宁妃和唐王生母李贤妃、伊王生母葛丽妃，后来“俱得罪死”，被装在一个大筐里，埋在南京太平门外。事后朱元璋有些后悔，下令三棺分葬，刨开土堆，三具尸体已经烂成一堆，分不清哪个尸骨是谁，只好就地掩埋，在上面垒起三个坟堆，算是三个妃嫔的坟墓。楚王朱祯的生母、凤阳人胡妃，曾受到朱元璋的宠爱。有一年，宫廷的内河中发现一个堕胎，内侍怀疑是胡妃干的，朱元璋大怒，就把她杀死，将尸体扔在南京城外。楚王来朝，哭求母亲尸体不得，只找到一条白练，迎葬于楚王府。封建时代有一句话，叫作“伴君如伴虎”，这是一点也不夸张的。

朱元璋子女众多，鉴于元朝前期不立皇太子，引起多起宫廷政变的教训，他称吴王后便立长子朱标为世子，就帝位后立为皇太子。同时，鉴于前代皇太子的东官臣僚自成系统，容易和朝廷大臣产生矛盾，甚至和宫廷闹对立，又任命朝廷重臣兼任东宫的臣僚。其他诸子，除第二十六子朱楠出生一个月后死去，另外24个儿子皆封王建国，以屏藩皇室。

为了使自己的子孙能长久保持帝位，朱元璋非常重视对皇太子和诸王的教育。洪武元年十一月，在宫中建大本堂，搜集古今图籍充实其中，征聘四方名儒教授皇太子和诸王，选派才俊青年伴读。后来，皇太子的读书之处改在文华后殿。翰林院学士宋濂先后教皇太子读书十余年，一言一行皆以礼法讽劝，使之符合封建的道德规范。讲到有关政教和前代兴亡的事迹，必拱手说：“当如是”，“不当如是”，辞极恳切。皇太子每次都认真听讲，言必称“师父”。洪武二年，朱元璋还命孔克仁等为诸王讲授经书，功臣子弟也奉诏入学，并指示孔克仁等说：“人有精金必求良冶而范之，有美玉必求良工而琢之，至于子弟有美质不求明师教之，岂爱子弟不如美玉耶？盖师所以模范学者，使之成器，因其材力各俾造就。朕诸子将有天下国家之责，功臣子弟将有职任之寄，教之之道当以正心为本，心正则万事皆理矣。苟导之不以其正，为众欲所攻，其害不可胜言。卿等宜辅以实学，毋徒效文士记诵词章而已。”除了选派儒士教读经书，又用具有封建德行的端人正士做太子宾客、太子谕德和诸王相傅，要求太子宾客和太子谕德辅导太子“必先养其德性，使进于高明。于帝王之道、礼义之教及往古成败之迹、民间稼穑之事，朝夕与之论说”，要求诸王相傅“务引王于当道……待臣下则以谦和，抚民人则以仁恕，劝耕耨以省馈饷，御外侮以藩帝室”。此外，还命东宫及王府官“采摭汉、唐以来藩王善恶可为劝戒者”辑为一书，于洪武六年三月赐名曰《昭鉴录》，颁赐诸王，使“知所警戒”。

皇太子成年后，朱元璋便让他练习处理政务，学习怎样做皇帝。洪武五年十二月，皇太子刚满十八岁，他即命省台府臣：“今后百司所奏之事，皆启皇太子知之。”第二年九月，又命诸司：“今后常事启皇太子，重事乃许奏闻。”十年六月，又令“自今大小政事皆先启皇太子处分，然后奏闻”，并面谕皇太子：“自古以来，惟创业之君历涉勤劳，达于人情，周于物理，故处事之际鲜有过当。守成之君，生长富贵，若非平昔练达，临政少有不缪者。故吾特命尔日临群臣，听断诸司启事，以练习国政。惟仁则不失于躁暴，惟明则不惑于奸邪，惟勤则不溺于安逸，惟断则不牵于文法，凡此皆以一心为之权度。”一心想把皇太子培养成一个能干的接班人，以维持和巩固朱明皇朝的统治。

朱元璋平时对皇太子和诸王管教很严，稍有过失，即痛加训诫。第二子秦王朱樉就藩西安后，见王府宫殿用的是碧瓦盖顶，嫌不够威风，以“异帝制”为由，对负责建造王宫的长兴侯耿炳文大发脾气。后来，又“市人浙江”。他还在咸阳、兴平、武功、扶风等县牧马数千匹，扰害百姓。并散钞令护卫士卒和陕西属县里甲买金，导致无籍之徒乘机抢劫往来官军及士庶妇女，“但有金首饰之类即攘夺之”。清明时节，还令内侍到城内外的千秋架寻访美女，“访其姓名，即娶入宫，如意则留之，否则杀之”。他征讨西番，“将番人七八岁幼女掳到一百五十名，又将七岁、八岁、九岁、十岁幼男阉割一百五十五名”，又“非法刑诸宫人，有割去舌者，有绑缚身体埋于深雪内冻死者，有绑于树上饿杀者，有用火烧死者”。他甚至“僭造龙衣龙床”。朱元璋闻讯严加切责，洪武二十四年还把他召还京师，经皇太子说情，第二年才放回封国。二十八年病死，朱元璋追谥为“愍”，赐谥册曰：“哀痛者，父子之情；追谥者，天下之公。朕封建诸子，以尔年长，首封于秦，期永绥禄位，以藩屏帝室。夫何不良于德，竟殒厥身，其谥曰‘愍’。”第三子晋王秉性骄纵，就藩太原，途中鞭打厨子徐兴祖。徐兴祖过去曾长期侍候过朱元璋，朱元璋写了一通敕书给晋王，说：“吾率群雄平祸乱，不事姑息，姑息独徐兴祖——为吾膳夫二十三年矣，小子识哉！”后来，晋王在藩多不法，有人告他图谋不轨，朱元璋大怒，要杀他，经皇太子“为涕泣请”，才免于死。此后他幡然悔悟，谨守法度，“待官属皆以礼，更以恭慎闻”，重新得到朱元璋的喜爱和器重。第十子鲁王好文礼士，善作诗歌，但嗜服金石药以求长生，毒发伤目，又“尝建一苑城外，与妃出宿”，生活放荡不羁。朱元璋很讨厌他，洪武二十二年鲁王死，亲定其谥号为“荒”。洪武二十年，朱元璋曾将历代藩王及其子周、齐、潭、鲁并靖江诸王的不法行为，辑成《御制纪非录》一书，颁赐诸王，令其“朝暮熟读，以革前非，早回天意”。

由于注意教育，好几个儿子成年后，都颇为能干。第二子秦王、三子晋王和四子燕王武艺都很高强，洪武二十六年后元勋宿将屠戮殆尽，北方的防务便由他们来承担。其他几个封在北方边塞的小王，也经常领兵跟随他们巡视斥候，校猎沙漠。第五子周王则爱好文学，能词赋，又喜欢研究植物，曾选择可以救饥的草类400余种，画为图谱，并加疏解，名为《救荒本草》。第十七子宁王对文史和音乐颇有研究，曾著《通鉴博论》2卷、《汉唐秘史》2卷、《史断》1卷、《文谱》8卷、《诗谱》1卷、《太古遗音》1卷、《琴阮启蒙》1卷，还有《茶谱》等著述数十种，“经、子、九流、星历、医卜、黄冶诸术皆具”。其他如第八子潭王“英敏好学，善属文”，第十子鲁王“好文礼士，善诗歌”，第十一子蜀王“博综典籍”，曾被朱元璋呼为“蜀秀才”，第十六子庆王“好学有文”，在文学上也有相当造诣。第十二子湘王既好文又喜武，文武全才。他性嗜学，常读书到半夜，领兵出征也携带大批图书，随时阅读。曾开景元阁，招纳文士，日夜校雠，志在经国。又喜谈兵，膂力过人，善用弓矢刀槊，驰马若飞。当然，也有几个王子很不成器。如第十三子代王，为人残忍粗暴，在建文朝被废为庶人。永乐元年（1403）复爵，继续胡作非为，受到明成祖朱棣的警告：“闻弟纵戮取财，国人甚苦，告者数矣，且王独不记建文时耶？”但他禀性难移，到晚年还经常和几个儿子穿着窄衣，戴着秃帽，在街市中袖锤斧杀人。第十九子谷王，永乐时“居国横甚”，夺民田，侵公税，随意杀人，长史虞廷纲几次劝谏，被诬陷致死，后以谋叛被废。第二十五子伊王，永乐时就藩洛阳，时常挟弹露剑，驰逐郊外，百姓躲避不及，即被击杀。他还常把男女平民的衣服剥个精光，借以取乐。

为了保证自己的子女能过上优裕的生活，朱元璋规定诸王、公主的俸禄由朝廷支给。明制，亲王嫡长子年及十岁，立为王世子，嫡长孙立为世孙，其余诸子年十岁，封为郡王；郡王嫡长子为郡王世子，嫡长孙授为长孙，其余诸子封镇国将军，孙封辅国将军，曾孙参国将军，四世孙封镇国中尉，五世孙封辅国中尉，六世以下皆封奉国中尉。皇女封公主，夫婿号驸马都尉，亲王女封郡主，郡王女封县主，孙女封郡君，曾孙女封县君，玄孙女封乡君，她们的夫婿皆号仪宾。这些宗藩，“世世皆食岁禄，不授职任事”。洪武九年二月规定：亲王岁支米5万石，钞25000贯；公主已受封赐庄田1所，岁收粮1500石，并给钞2000贯；亲王子已受封郡王，米6000石，钞2800贯，亲王女已受封郡主及已嫁，米1000石，钞1400贯；郡王诸子年及十五，各赐田60顷，以为永业，并除租税，“诸子所生之子，唯世守永业”。到二十八年闰九月，因为“子孙众盛”，“俸给弥广”，朱元璋决定“量减各王岁给，以资军国之用”，户部重新规定：亲王岁给禄米1万石，郡王2000石，镇国将军1000石，辅国将军800石，奉国将军600石，镇国中尉400石，辅国中尉300石，奉国中尉200石，公主及驸马2000石，郡主及仪宾800石，县主及仪宾600石，郡君及仪宾400石，县君及仪宾300石，乡君及仪宾200石。并规定：“郡王嫡长子袭封郡王者，岁赐比始封郡王减半支给”。这一规定虽然将亲王、郡王的俸禄减少了大半，仍远远高于大臣的岁俸，比如一个亲王的岁禄就接近于10个一品官员岁俸的总和，一个郡王的岁禄也相当于两个正一品官员岁俸的总和。而且将原先规定郡王之子的镇国将军拨赐田60顷作为其子子孙孙（包括辅国、奉国将军及镇国、辅国、奉国中尉、县主、郡君、县君、乡君及其仪宾）的“永业”，改为自镇国将军至乡君及仪宾每年各支付1000石至200石的俸禄，也在无形中大大增加了国家的支出，因为郡王之子即镇国将军每人岁禄1000石，已大致相当于60顷田所收的租税，可是郡王之子以下还有数不清的将军、中尉、县主和仪宾等人。后来，宗室的人口不断增加。特别是在建文年间的“靖难之役”和永乐年间的“高煦之叛”以后，朝廷为防止宗藩作乱，对诸藩严加管束，“防闲过峻，法制日增。出城省墓，请而后许，二王不得相见”。宗室在政治上没有发展的机会，“贤才不克自见，知勇无所设施”，又不许从事士农工商诸业，于是便尽量多娶妻妾，多生子女，以增加禄赐。明孝宗弘治五年（1492），山西巡抚杨澄等奏言：晋府的庆城王朱钟镒，到这一年的八月即生有子女94人，孙163人。据王世贞推测，大约每隔十几年，明宗室人数增加百分之五十。另据徐光启推算，明宗室人数30年左右即增加一倍。洪武年间“初封亲郡王、将军才四十九位，女才九位”，宗室人数总共58人，永乐年间增至127人，嘉靖三十二年（1553）增至19611人，万历三十二年（1604）又增至8万多人。随着宗室人数的激增，禄米的支出也越来越多，成为国家的一项沉重负担。以嘉靖三十二年为例，“计天下岁供京师米四百万石，而各处禄米凡八百五十三万石，视输京师之数，不啻倍之”。就以上一年全国田赋收入米麦共2286万多石计，禄米支出一项需用去三分之一强。就一省而论，财政收入的逆差更为悬殊，“即如山西一省，存留米麦一百五十二万石，而宗室禄米该三百一十二万石，河南一省存留八十四万三千石，而宗室禄米一百九十二万石，是二省之粮，即无水旱蠲免，升合俱完，犹不足以供禄米之半” 。朝廷无法支付庞大的禄米，只得下令禁革宗室子孙纳妾和收养异姓，诏谕诸王自动削减禄米，或者改粮折钞，或者减半支付甚至三七支付。宗室为了增加收入，则在各地拼命兼并土地，鱼肉人民，弄得百姓“不胜痛苦，且揭竿思逞”。到万历三十四年（1606），朝廷只好“开宗室之禁”，允许宗室子弟入学应试，除授官职。但这一改革，对解决宗室的禄给和出路问题并没有能起多大作用。朝廷仍然无法按时支付大批宗室的禄米，往往长期拖欠，许多宗室衣食无着，“不得不杂为贱役，或作为非僻” ，有的甚至宁肯故意犯罪，希望能被关进凤阳的宗室监狱，以便弄到一口饭吃，免得挨饿受冻。

朱元璋利用国家财力厚待其“龙子龙孙”，让他们世世代代远离四民之劳，过着安养逸豫的生活。但安逸的寄生生活必然导致他们腐朽没落，变成一无是用的“弃物”。结果，当明末农民大起义的风暴席卷而来时，这些“天枝玉叶”大都显得卑怯无能，不是纵酒取乐，便是抱头鼠窜，很快便被时代的洪流所埋葬。这大概是朱元璋始料不及的吧。